Na zdjęciu: Budynek Wydziału Zarządzania i Ekonomii PG. Źródło: Sekcja Historyczna BPG
Instytut Okrętowy przekształcono w Wydz. Oceanotechniki i Okrętownictwa (1990), połączono wydziały Budowy Maszyn oraz Technologii Maszyn i Organizacji Produkcji w Wydz. Mechaniczny (1992), powołano Wydz. Zarządzania i Ekonomii (1993). Wydz. Hydrotechniki przekształcono w Wydz. Inżynierii Środowiska (1995), a Wydz. Elektroniki w Wydz. Elektroniki, Telekomunikacji i Informatyki (1995), zaś Wydz. Elektryczny – w Wydz. Elektrotechniki i Automatyki (1996). Połączono także wydziały Budownictwa Lądowego oraz Hydrotechniki – w Wydz. Inżynierii Lądowej i Środowiska (2005). Oddział Wydz. Mechanicznego w Elblągu został zlikwidowany (2000).
W l. 1990-2010 oddano do użytku budynki Inst. Elektrotechniki Morskiej i Przemysłowej, Audytorium Novum, Wydz. Zarządzania i Ekonomii, a także nadbudowano gmachu Chemii „B" oraz „C". Wyremontowano akademiki, „Bratniak" oraz budynek Chemii B, oddano do użytku pomieszczenia na poddaszu Gmachu Głównego. Wybudowano gmach Wydz. Elektroniki, Telekomunikacji i Informatyki oraz dziedzińce Gmachu Głównego. Utworzono Centrum Wiedzy i Przedsiębiorczości, zaś ul. Siedlicką włączono do kampusu uczelni. Rozbudowano „Kuźnię" i przebudowano pływalnię. W kolejnych latach odbudowano wieżę zegarową na Gmachu Głównym. Wydz. Architektury otrzymał laboratorium 3D, a Wydz. Chemiczny – budynek Nanotechnologia A. Ze środków unijnych wybudowano: Centrum Nanotechnologii Politechniki Gdańskiej, Centrum Zaawansowanych Technologii Pomorze, audytoria, w tym Lab. Zanurzonej Wizualizacji Przestrzennej, Lab. LINTE, a także Lab. Odnawialnych Źródeł Energii. Wydz. Mechaniczny uzyskał budynek Nanotechnologia B oraz rozbudowano budynek wydziału, a Wydz. Oceanotechniki i Okrętownictwa otrzymał basen modelowy. Centrum Nauczania Matematyki i Kształcenia na Odległość uzyskało nowe pomieszczenia i pracownie. Nowoczesną formę otrzymał plac przed Gmachem Głównym.
Wprowadzono studia trzystopniowe (inż., mgr., dokt.), Europejski System Punktów Kredytowych (ECTS) oraz uczelniany system oceny jakości kształcenia. Uczelnia uzyskała standard jakości „Quality Label”.
