Po przejęciu uczelni przez Grupę Operacyjną Ministerstwa Oświaty i wyborze władz Politechniki zatrudniono trzy osoby do uruchomienia Biblioteki Centralnej (od 1950 Biblioteki Głównej). Ze względu na zniszczenie środkowej części Gmachu Głównego trzyosobowy zespół funkcjonował na parterze bocznego skrzydła gmachu w dwu pokojach i przedpokoju, gdzie na 66 m2 mieściły się magazyn, biuro, czytelnia i wypożyczalnia, a książki układane były też na podłodze.
Pierwsze prace polegały na rewindykacji, zabezpieczeniu, posortowaniu i inwentaryzacji ocalałego księgozbioru. Sprowadzono zasoby ukryte w Świnczu, pozyskano też pozycje z niemieckich bibliotek podworskich, klasztorów (Starogard Gdański, Bydgoszcz, Kartuzy), księgozbiór ze szkoły budowlano-mechanicznej w Zgorzelcu oraz z darów, między innymi byłych profesorów i pracowników Politechniki. Z księgozbioru Towarzystwa Przyrodniczego w Gdańsku pozostało jedynie 126 pozycji. Skontrum w 1946 wykazało 26 000 woluminów, po selekcji w 1948 pozostawiono 9 600 tomów zgodnych z profilem Biblioteki (resztę przekazano innym bibliotekom).
Założono katalogi: rzeczowy, przedmiotowy i alfabetyczny, specjalny, działowy dla matematyki, architektury, fizyki oraz podręczny w czytelni. Sporządzono też centralny katalog zbiorów katedr poszczególnych wydziałów. Ze względu na charakter zbiorów w 1950 wprowadzono (decyzją Komisji Bibliotecznej Senatu Politechniki) nowy katalog przedmiotowy, opracowany przez dyrektora Biblioteki. Zastąpił on stosowany w innych bibliotekach katalog oparty na Uniwersalnej Klasyfikacji Dziesiętnej.
Podjęto także działania rekonstrukcyjne zniszczonej części Gmachu Głównego, w której mieściła się Biblioteka: inż. arch. Jerzy Winnicki zaprojektował czytelnię, wypożyczalnię i katalogi. Pod kierunkiem prof. Witolda Minkiewicza prace budowlane zakończono w 1950: zwiększono metraż biblioteki, zmieniono układ holu, korytarzy i pomieszczeń.
