Doktor honoris causa Politechniki Gdańskiej (2008).
Profesor specjalizuje się w dyscyplinie naukowej obejmującej informatykę.
Jan Węglarz urodził się 24 września 1947 roku w Poznaniu. Studia wyższe ukończył na Wydziale Matematyki, Fizyki i Chemii Uniwersytetu Adama Mickiewicza w 1969 roku, gdzie uzyskał tytuł magistra matematyki i na Wydziale Elektrycznym Politechniki Poznańskiej, który ukończył w 1971 roku z tytułem magistra inżyniera automatyka. Od 1971 roku pracuje na Politechnice Poznańskiej. W Instytucie Informatyki pełnił następujące funkcje: w latach 1976–1994 kierownika Pracowni Badań Operacyjnych, w latach 1981–1987 zastępcy dyrektora do spraw naukowych, od 1990 roku dyrektora, od 1995 roku kierownika Zakładu Badań Operacyjnych i Sztucznej Inteligencji.
W Instytucie Informatyki Politechniki Poznańskiej uzyskał stopień doktora w 1974 roku, stopień doktora habilitowanego w 1977 roku. Na stanowisko profesora nadzwyczajnego został powołany w 1983 roku, a na stanowisko profesora zwyczajnego w 1988 roku.
Jest inicjatorem i kreatorem infrastruktury informatycznej dla środowiska naukowego w Polsce. Twórca szkoły naukowej w zakresie badań operacyjnych w informatyce. Przyczynił się do opracowania i realizacji programu Komitetu Badań Naukowych rozwoju infrastruktury informatycznej dla nauki w Polsce.
Jest autorem, współautorem ponad 240 publikacji, w tym 14 książek wydanych przez prestiżowe wydawnictwa krajowe i światowe. Promotor 28 doktorów. Współtwórca pierwszego polskiego komputera ELWRO 800 junior.
Od 1991 roku jest członkiem korespondentem Polskiej Akademii Nauk, od 1998 roku członkiem rzeczywistym, członkiem Komitetu Informatyki PAN, pełnił funkcję przewodniczącego (do 2016 roku). W latach 2003–2010 był prezesem Oddziału PAN w Poznaniu, członkiem Prezydium. Był członkiem Centralnej Komisji Kwalifikacyjnej do spraw Stopni i Tytułów (od 1988 roku).
Pracuje w Instytucie Chemii Bioorganicznej PAN: od 1993 roku pełnomocnik dyrektora Poznańskiego Centrum Superkomputerowo-Sieciowego, gdzie był współautorem koncepcji merytorycznej i organizacyjnej.
Członek Polskiego Towarzystwa Informatycznego (założyciel, członek honorowy od 2002 roku), Amerykańskiego Towarzystwa Matematycznego, Operation Research Society of America. W latach 1997–1998 był prezydentem Stowarzyszenia Europejskich Towarzystw Badań Operacyjnych (EURO), przedstawicielem Polski w International Federation of Operational Research Society (IFORS). Był członkiem Komitetu Polityki Naukowej przy ministrze nauki i szkolnictwa wyższego.
Jest członkiem wielu komitetów redakcyjnych czasopism krajowych i zagranicznych, był redaktorem naczelnym kwartalnika „Foundations of Computing and Decision Science”.
Laureat między innymi: Nagrody Państwowej Zespołowej II Stopnia, Nagrody Sekretarza Naukowego PAN, Nagrody Naukowej miasta Poznania, nagrody Złotej Wielkiej Pieczęci miasta Poznania, Nagrody Fundacji na Rzecz Nauki Polskiej.
Został wyróżniony godnością doktora honoris causa: Politechniki Szczecińskiej (2001), Akademii Górniczo-Hutniczej (2002), Politechniki Częstochowskiej (2005), Politechniki Poznańskiej (2006), Uniwersytetu Śląskiego w Katowicach (2008), Uniwersytetu Zielonogórskiego (2009), Politechniki Śląskiej w Gliwicach (2014). Został wyróżniony godnością doktora honoris causa Politechniki Gdańskiej 16 kwietnia 2008 roku za „głęboką wiedzę w dziedzinie matematyki, rozwiązanie wielu problemów z matematyki, stworzenie najlepszych rozwiązań dotyczących informatyki” (promotorem był prof. dr hab. inż. Henryk Krawczyk). Przyczynił się do rozwoju wiedzy Polaków w dziedzinie informatyki, inicjator różnych działań dla Polski i świata, podejmował wiele inicjatyw zasługując na wdzięczność całej ludzkości, jest wzorem do naśladowania dla świata nauki”.
Został odznaczony Krzyżem Komandorskim Orderu Odrodzenia Polski, Złotym Medalem EURO (Stowarzyszenie Europejskich Towarzystw Badań Operacyjnych) – jedyny współlaureat z Europy Środkowo-Wschodniej, Złotym Medalem University of Missouri-Columbia oraz innymi odznaczeniami państwowymi i resortowymi.
W 2016 roku otrzymał tytuł honorowego obywatela miasta Poznania.