Przejęcie władzy w Wolnym Mieście Gdańsku przez hitlerowców w roku 1933 pociągnęło za sobą zmiany, choć początkowo nie tak drastyczne jak w Niemczech. Na Politechnice Gdańskiej zaczęto usuwać z kadry osoby pochodzenia żydowskiego lub otwarcie wyrażające niechęć do narodowosocjalistycznych idei. Starszych profesorów zmuszano do przejścia na emeryturę, młodszych zawieszano i zwalniano. Jednym z pierwszych przymusowo emerytowanych był zasłużony twórca gmachów uczelni prof. Carsten. Z Wydziału Chemii musieli odejść profesorowie Wohl (w 1933 r.), Wartenberg (1937 r.) i Jellinek (1937 r.), z Wydziału Budownictwa prof. Doeinck (w 1937 r.), bardzo lubiany przez studentów, którzy urządzili mu uroczyste pożegnanie. Do odejścia zmuszono także byłego rektora prof. Sommera (matematyka) i wielu innych. W roku 1935/36 faktycznie czynnych było 38 profesorów zwyczajnych, 19 nadzwyczajnych, 6 docentów i 56 asystentów. Było to równoznaczne ze spadkiem liczebności kadry.

Rozwiązano prawie wszystkie organizacje studenckie zastępując je jednym przymusowym Narodowo Socjalistycznym Niemieckim Związkiem Studentów. Zlikwidowano także korporacje. Zmiany te nie dotyczyły Polaków, którzy zachowali swoje organizacje. Zmieniono statut uczelni. W programie pojawiły się przedmioty polityczne, wykładane przez działaczy partyjnych. Do wykładów z biologii wprowadzono teorie rasowe, Wszystkich studentów niemieckich objęto szkoleniem wojskowym. Mimo tych "uzupełnień" programowych faktyczna liczba prowadzonych przedmiotów spadła w roku 1938/39 do 335. W pierwszych latach starano się doprowadzić do porozumienia między niemieckimi i polskimi organizacjami studenckimi.

W 1934 r. próbowano organizować wymianę wycieczek do Polski i Niemiec. Od roku 1935 stosunki zaczęły się wyraźnie pogarszać. Coraz częściej dochodziło do zajść. Kulminacja nastąpiła w lutym 1939 r. Sprowokowała ją antypolska wywieszka w jednej z kawiarń we Wrzeszczu. W kilka dni później (14 lutego) studenci Polacy zwołali wiec i uchwalili rezolucję, wzywającą rząd Rzeczypospolitej Polskiej do energicznego działania w celu przywrócenia panowania polskiego nad ujściem Wisły. Na odpowiedź Niemców nie trzeba było długo czekać. 24 lutego bojówki hitlerowskie siłą usunęły Polaków z uczelni. Nie jest łatwo ocenić ilu studentów niemieckich wzięło udział w tym wybryku. Według niektórych relacji było ich około 200, wspomaganych przez policję. Do zapowiadanego ataku na Polski Dom Akademicki nie doszło. 27 lutego rektor Pohlhausen zaocznie wydalił z uczelni 5 członków Zarządu Bratniej Pomocy za podjętą na wiecu rezolucję. Napaści na Polaków kontynuowano.

Pod naciskiem Komisariatu Generalnego RP powstała mieszana komisja. która ustosunkowała się do zajść. W protokóle porozumienia delegacja niemiecka uznała fakt prowokacji ze strony niemieckich studentów. Od 18 marca studenci polscy mieli powrócić na uczelnię, uzyskać możliwość nadrobienia zaległości i odzyskania zabranego mienia. Umowa ta nigdy nie została zrealizowana. Część polskich studentów powróciła po przerwie semestralnej ale kontynuowanie studiów stało się praktycznie niemożliwe. Trzeba tu podkreślić, że wielu niemieckich studentów i ogromna większość profesorów nie brała udziału w zajściach ale brakowało im odwagi, żeby się przeciwstawić.

Już wcześniej potępienie prób wprowadzenia getta ławkowego prof. Sommer przypłacił dymisją. Podobny los spotkał prof. Krischena z Wydziału Architektury, który otwarcie pokpiwał sobie z umundurowanych aktywistów partyjnych. Zajścia niewątpliwie były sterowane z zewnątrz i stanowiły element łańcucha prowokacji, mających przygotować wybuch wojny.